Chuyển nhượng vốn góp trong công ty FDI: Nghĩa vụ thuế thu nhập cá nhân và thủ tục thay đổi Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư (IRC)

Chuyển nhượng vốn góp là giao dịch khá phổ biến trong quá trình hoạt động của doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài (FDI) tại Việt Nam. Nhà đầu tư có thể chuyển nhượng toàn bộ hoặc một phần vốn của mình cho nhà đầu tư hiện hữu, cá nhân hoặc tổ chức Việt Nam, hoặc một nhà đầu tư nước ngoài khác.

Tuy nhiên, chuyển nhượng vốn trong công ty FDI không đơn thuần là việc các bên ký hợp đồng và thanh toán tiền chuyển nhượng. Giao dịch có thể đồng thời làm phát sinh nghĩa vụ về thuế, đăng ký doanh nghiệp, đầu tư và quản lý ngoại hối.

Đặc biệt, khi bên chuyển nhượng là cá nhân, một trong những vấn đề cần xác định ngay từ đầu là nghĩa vụ thuế thu nhập cá nhân (TNCN) phát sinh từ giao dịch chuyển nhượng vốn. Thu nhập từ chuyển nhượng phần vốn trong tổ chức kinh tế thuộc nhóm thu nhập chịu thuế theo pháp luật thuế TNCN.

Nếu giao dịch làm thay đổi nhà đầu tư hoặc các nội dung được ghi nhận trên Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư (Investment Registration Certificate – IRC), doanh nghiệp và nhà đầu tư còn phải xem xét thực hiện thủ tục điều chỉnh dự án đầu tư và IRC.

Vì vậy, trước khi thực hiện một giao dịch chuyển nhượng vốn tại công ty FDI, các bên nên xem xét đồng thời ít nhất bốn vấn đề: điều kiện chuyển nhượng vốn, thủ tục đầu tư đối với bên nhận chuyển nhượng, nghĩa vụ thuế của bên chuyển nhượng và thủ tục cập nhật các giấy phép của doanh nghiệp sau giao dịch.

1. Chuyển nhượng vốn góp trong công ty FDI là gì?

Hiểu một cách đơn giản, chuyển nhượng vốn góp là việc một thành viên hoặc nhà đầu tư chuyển giao toàn bộ hoặc một phần quyền sở hữu đối với phần vốn của mình trong doanh nghiệp cho một chủ thể khác và nhận lại khoản thanh toán tương ứng theo thỏa thuận.

Ví dụ, một công ty TNHH FDI tại Việt Nam có hai nhà đầu tư:

• Nhà đầu tư A sở hữu 70% vốn điều lệ
• Nhà đầu tư B sở hữu 30% vốn điều lệ.

Nếu nhà đầu tư A chuyển nhượng 20% vốn điều lệ của công ty cho nhà đầu tư C, sau khi giao dịch hoàn tất, cơ cấu sở hữu có thể thay đổi thành A sở hữu 50%, B sở hữu 30% và C sở hữu 20%.

Tùy từng trường hợp, bên nhận chuyển nhượng có thể là cá nhân Việt Nam, tổ chức Việt Nam, cá nhân nước ngoài, pháp nhân nước ngoài hoặc nhà đầu tư đang sở hữu vốn trong chính doanh nghiệp đó.

Điểm cần đặc biệt chú ý là “công ty FDI” không phải lúc nào cũng đồng nghĩa với việc mọi giao dịch chuyển nhượng vốn đều phải thực hiện một thủ tục đầu tư giống nhau. Cách xử lý phụ thuộc vào chủ thể nhận chuyển nhượng, tỷ lệ sở hữu trước và sau giao dịch, ngành nghề kinh doanh, dự án đầu tư và nội dung đã được ghi nhận trên IRC.

2. Chuyển nhượng vốn trong công ty FDI có phải nộp thuế TNCN không?

Nếu người chuyển nhượng là cá nhân, khoản thu nhập phát sinh từ việc chuyển nhượng phần vốn có thể thuộc đối tượng chịu thuế TNCN.

Về bản chất, cần phân biệt rõ hai khái niệm:

• Giá chuyển nhượng là số tiền hoặc giá trị mà bên chuyển nhượng nhận được theo giao dịch.
• Thu nhập từ chuyển nhượng vốn là khoản thu nhập được xác định theo các nguyên tắc của pháp luật thuế áp dụng cho giao dịch đó.

Theo quy định truyền thống của pháp luật thuế TNCN đối với chuyển nhượng phần vốn góp, thu nhập chịu thuế được xác định trên cơ sở giá chuyển nhượng trừ giá mua của phần vốn và các chi phí hợp lý liên quan. Luật Thuế TNCN cũng xác định thu nhập từ chuyển nhượng phần vốn trong các tổ chức kinh tế là một loại thu nhập từ chuyển nhượng vốn.

Tuy nhiên, khi xử lý giao dịch phát sinh từ ngày 01/07/2026 trở đi, doanh nghiệp và nhà đầu tư cần đặc biệt lưu ý Luật Thuế thu nhập cá nhân số 109/2025/QH15 đã có hiệu lực. Do đó, không nên mặc nhiên sử dụng cách tính hoặc biểu thuế trong các tài liệu tư vấn được lập theo quy định trước ngày này mà không kiểm tra lại thời điểm phát sinh giao dịch.

Phân biệt cá nhân cư trú và cá nhân không cư trú

Đây là một yếu tố rất quan trọng trong giao dịch FDI.

Một nhà đầu tư nước ngoài sở hữu vốn trong công ty Việt Nam không đương nhiên được xem là cá nhân không cư trú về thuế. Tình trạng cư trú phải được xác định theo các điều kiện của pháp luật thuế Việt Nam.

Việc xác định đúng tình trạng cư trú có ý nghĩa trực tiếp đối với phương pháp xác định nghĩa vụ thuế.

Theo quy định trước đây, đối với cá nhân cư trú, thu nhập từ chuyển nhượng phần vốn được xác định dựa trên chênh lệch giữa giá chuyển nhượng với giá mua và chi phí hợp lý liên quan. Trong khi đó, đối với cá nhân không cư trú, Luật Thuế TNCN trước đây quy định thuế từ chuyển nhượng vốn được xác định trên tổng số tiền nhận được từ việc chuyển nhượng phần vốn tại tổ chức, cá nhân Việt Nam với thuế suất 0,1%.

Do pháp luật thuế TNCN đã có thay đổi từ năm 2026, tình trạng cư trú và thời điểm giao dịch là hai thông tin cần được kiểm tra trước khi xác định số thuế phải nộp.

3. Không nên nhầm chuyển nhượng vốn góp với chuyển nhượng chứng khoán

Một sai sót thường gặp là áp dụng cùng một phương pháp tính thuế cho mọi giao dịch chuyển nhượng vốn.

Trên thực tế, cần xác định giao dịch thuộc chuyển nhượng phần vốn góp hay chuyển nhượng chứng khoán/cổ phần thuộc phạm vi quy định về chứng khoán, bởi cơ sở và phương pháp tính thuế có thể khác nhau.

Điều này đặc biệt quan trọng khi doanh nghiệp FDI là công ty cổ phần.

Trước khi ký hợp đồng, các bên nên xác định rõ:

• Loại hình doanh nghiệp
• Loại tài sản được chuyển nhượng
• Tư cách của bên chuyển nhượng
• Tình trạng cư trú thuế của cá nhân
• Thời điểm hoàn tất chuyển nhượng
• Giá vốn có tài liệu chứng minh hay không
• Các chi phí liên quan có hóa đơn, chứng từ hợp lệ hay không.

Việc phân loại sai giao dịch ngay từ đầu có thể dẫn đến kê khai sai nghĩa vụ thuế.

4. Ví dụ về nghĩa vụ thuế khi chuyển nhượng vốn

Giả sử một cá nhân đầu tư 2 tỷ đồng để sở hữu phần vốn trong một công ty TNHH FDI tại Việt Nam. Sau một thời gian hoạt động, cá nhân này chuyển nhượng toàn bộ phần vốn với giá 3 tỷ đồng.

Về mặt kinh tế, chênh lệch giữa giá chuyển nhượng và giá vốn ban đầu là: 3 tỷ đồng – 2 tỷ đồng = 1 tỷ đồng.

Tuy nhiên, không nên chỉ lấy khoản chênh lệch 1 tỷ đồng rồi mặc nhiên áp dụng một mức thuế để xác định nghĩa vụ TNCN.

Trước hết phải xác định cá nhân là cư trú hay không cư trú, giao dịch phát sinh vào thời điểm nào, phần vốn được chuyển nhượng thuộc loại nào và những quy định thuế đang có hiệu lực tại thời điểm giao dịch.

Đây là lý do hồ sơ chứng minh giá vốn ban đầu có ý nghĩa đặc biệt quan trọng.

Các tài liệu thường cần được lưu giữ bao gồm hợp đồng góp vốn hoặc hợp đồng nhận chuyển nhượng vốn trước đây, chứng từ chuyển tiền, tài liệu ngân hàng, hồ sơ đăng ký doanh nghiệp, tài liệu chứng minh việc hoàn tất nghĩa vụ góp vốn và các chứng từ hợp pháp khác.

5. Chuyển nhượng ngang giá hoặc bị lỗ có cần quan tâm đến thuế không?

Có.

Một quan niệm khá phổ biến là nếu bán phần vốn đúng bằng giá mua hoặc bán thấp hơn giá mua thì không cần thực hiện bất kỳ thủ tục thuế nào. Cách hiểu này có thể gây rủi ro.

Ví dụ:

Giá vốn ban đầu: 2 tỷ đồng.

Giá chuyển nhượng: 2 tỷ đồng.

Về kinh tế, người chuyển nhượng không có lợi nhuận. Tuy nhiên, việc có số thuế thực tế phải nộp bằng 0 và việc có nghĩa vụ kê khai hồ sơ thuế là hai vấn đề khác nhau.

Tương tự, nếu phần vốn được chuyển nhượng với giá thấp bất thường so với giá trị thực tế, cơ quan thuế có thể xem xét căn cứ xác định giá chuyển nhượng theo quy định pháp luật.

Do đó, doanh nghiệp không nên chỉ căn cứ vào việc giao dịch “không có lãi” để kết luận rằng không phát sinh bất kỳ nghĩa vụ nào liên quan đến thuế.

6. Ai chịu trách nhiệm kê khai thuế TNCN?

Về nguyên tắc, cá nhân có thu nhập chịu thuế có trách nhiệm thực hiện nghĩa vụ thuế theo quy định. Pháp luật thuế cũng quy định trách nhiệm kê khai, khấu trừ và nộp thuế trong những trường hợp nhất định.

Trong giao dịch FDI, vấn đề này cần được kiểm tra kỹ hơn nếu người chuyển nhượng là cá nhân nước ngoài và không còn hiện diện tại Việt Nam sau giao dịch.

Các bên nên quy định rõ trong hợp đồng chuyển nhượng:

• Bên nào chịu nghĩa vụ thuế
• Bên nào thực hiện thủ tục kê khai
• Giá chuyển nhượng là giá gross hay net
• Thuế có được khấu trừ từ tiền thanh toán hay không
• Trách nhiệm cung cấp hồ sơ chứng minh giá vốn
• Nghĩa vụ phối hợp nếu cơ quan thuế yêu cầu giải trình.

Các điều khoản này không làm thay đổi nghĩa vụ thuế do pháp luật quy định, nhưng có ý nghĩa quan trọng trong việc phân bổ trách nhiệm giữa các bên và hạn chế tranh chấp sau giao dịch.

7. Chuyển nhượng vốn có phải thay đổi Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư (IRC)?

Không phải mọi trường hợp chuyển nhượng vốn trong công ty FDI đều có thể kết luận ngay rằng phải điều chỉnh IRC.

Trước hết cần kiểm tra nội dung của IRC hiện tại.

Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư thường ghi nhận các thông tin quan trọng của dự án như nhà đầu tư, tên dự án, địa điểm thực hiện, mục tiêu, quy mô, vốn đầu tư, thời hạn và tiến độ thực hiện dự án.

Nếu việc chuyển nhượng làm thay đổi nhà đầu tư được ghi nhận trên IRC, doanh nghiệp cần xem xét thực hiện thủ tục điều chỉnh dự án đầu tư và Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư để phản ánh đúng cơ cấu nhà đầu tư sau giao dịch.

Ví dụ, IRC đang ghi:

• Investor A: 70%
• Investor B: 30%

Sau giao dịch, A chuyển toàn bộ phần vốn của mình cho Investor C.

Khi đó cơ cấu nhà đầu tư của dự án thay đổi từ A và B sang B và C. Đây không đơn thuần là thay đổi thông tin nội bộ của doanh nghiệp mà còn liên quan trực tiếp đến chủ thể thực hiện dự án đầu tư.

Ngược lại, trong một số cấu trúc đầu tư, thay đổi sở hữu ở cấp doanh nghiệp không nhất thiết đồng nghĩa với việc thay đổi trực tiếp nhà đầu tư được ghi nhận trên một IRC cụ thể. Vì vậy, cần kiểm tra hồ sơ dự án thực tế trước khi quyết định thủ tục.

8. Cần phân biệt IRC và ERC

Đây là một điểm rất quan trọng khi xử lý chuyển nhượng vốn trong doanh nghiệp FDI.
IRC - Investment Registration Certificate là Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, gắn với dự án đầu tư.

ERC - Enterprise Registration Certificate là Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, gắn với pháp nhân doanh nghiệp.

Hai giấy chứng nhận có chức năng khác nhau.

Một giao dịch chuyển nhượng vốn có thể làm phát sinh việc thay đổi thông tin đăng ký doanh nghiệp, điều chỉnh dự án đầu tư hoặc cả hai.

Ví dụ, đối với công ty TNHH hai thành viên trở lên, việc thay đổi thành viên do chuyển nhượng vốn thường kéo theo thủ tục đăng ký thay đổi thành viên theo pháp luật doanh nghiệp.

Nếu người chuyển nhượng đồng thời là nhà đầu tư đứng tên trên IRC và sau giao dịch không còn tham gia dự án, vấn đề điều chỉnh thông tin nhà đầu tư trên IRC cũng phải được xử lý.

Do đó, không nên coi việc hoàn tất thay đổi ERC là đồng nghĩa với việc toàn bộ thủ tục chuyển nhượng vốn FDI đã hoàn thành.

Xem thêm: Tối ưu nghĩa vụ Thuế cho nhà đầu tư góp vốn nhà hàng sở hữu Thẻ tạm trú: Phân biệt Thuế cổ tức (5%) và Thuế tiền lương